Copio de un post de Guppi en Kriptopolis:
"El algoritmo MD5 es un algoritmo de reducion criptografico.
Basicamente sirve para firmar un mensaje, es decir, al algoritmo le pasamos un mensaje (da igual la longitud de este) y MD5 nos devuelve 128 bits que serian la firma del mensaje. Con cambiar un solo bit en el mensaje, el resultado de MD5 cambia totalmente.
Aqui tienes para que veas como funciona:
http://es.wikipedia.org/wiki/MD5"
Esto tiene una aplicación muy interesante que permite detectar si la memoria RAM de un computador presenta problemas. Simplemente se toma un archivo cualquiera muy grande, por ejemplo una imagen ISO y se le hace MD5 unas 10 o 20 veces, el resultado tiene que ser siempre el mismo, si sale un solo resultado distinto entonces la memoria RAM està con problemas.
El MD5sum para windows pueden bajarlo aqui En Linux y Unix viene incluìdo en el sistema.